In https://blogs.windows.com/windowsexperience/2018/10/09/updated-version-of-windows-10-october-2018-update-released-to-windows-insiders/ werden die Hintergründe näher erläutert. Als Hauptschuldiger wurde das Feature „KFR“ (Known Folder Redirection) identifiziert. KFR dient dazu, einzelne Ordner gerade der C:-Partition auf andere Datenträger auslagern zu können. Bei betroffenen Nutzern wurde durch einen Bug die Dateien nicht in den neuen Ordner bewegt. Nach erfolgtem Update wurde dann von Windows der vermeintlich überflüssige Ordner (in dem dann die verschwundenen Dateien steckten) automatisch gelöscht.
Für Nutzer, die bereits das Update eingespielt haben, stellt Microsoft einen gesonderten Patch KB4464330 bereit: https://support.microsoft.com/en-us/help/4464330/windows-10-update-kb4464330 .