Ich kenne das Problem. Und je größer die externe Festplatte ist, desto länger dauert das Booten. Am Besten ist wirklich, die Festplatte erst dann einzuschalten, wenn man sie wirklich braucht und beim Booten ausgeschaltet zu lassen.
Ansonsten heißt es einfach "Warten". Irgendwann bootet der PC dann nämlich doch, wenn auch erst nach längerer Zeit...