Hallo,
also in Vista ist eine neuere NTFS-Version (5.x) enthalten, die abwärts kompatibel zu älteren NTFS-Versionen sein soll.
Windows 2000 enthält die NTFS-Version (3.0), die nur mit speziellen Treibern auf einer von Vista formatierten Platte funktioniert. Diese unterschiedlichen NTFS-Versionen sind meiner Meinung nach Schuld an deinem Problem.
Mein Vorschlag wäre (wenn du eine 2 Festplatte zur Verfügung hast) zuerst Win2k und danach Vista zu installieren. Ist die Vista NTFS-Version wirklich abwärts kompatibel sollte sie die mit Windows 2000 formatierte Platte auch erkennen können.
Halt uns 'mal mit diesem Thema auf den laufenden, da mich diese Thematik auch interessiert und Willkommen im Club ...