Ich würde meine Installation ohne den ganzen Müll, den ich vorher deinstalliert hätte, mit Acronis TrueImage sichern. Dann hast Du was Sauberes und kannst den ganzen Recovery-Krampf vergessen.
Was Du mit Metadateien meinst, ist mir ein Rätsel. Das sind keine "Metadateien", sondern vermutlich Teile Deines Recovery-Archivs. Es gibt keine "Metadateien", sondern nur Metadaten, was aber mit der Installation überhaupt gar nichts zu tun hat.