Ich hatte das Problem auf meinem PC auch ewig und habe es nicht lösen können. Ich bin dann auf diese kleine uralte "layout.dll" von Microsoft
http://www.howtogeek.com/howto/windows-vista/save-and-restore-desktop-icon-layout-in-windows-vista/gestoßen, die eigentlich nur dazu da ist, mit Rechtsklick auf dem Desktop die Position der Icons zu speichern, bzw. wiederherzustellen. Seitdem habe ich aber auch komischerweise das ursprüngliche Problem nur noch ganz selten.
Die dll gehört angeblich zu den "Windows NT 4.0 Resource Kit Support Tools"
http://www.microsoft.com/downloadS/thankyou.aspx?familyId=3e972e9a-e08a-49a2-9d3a-c0519479e85a&displayLang=enEs lohnt aber nicht, wegen dieser einen einzigen dll all diese Tools zu installieren, es sei denn, man wollte auch mit den anderen Tools experimentieren.
Also, sehr empfehlenswert! Ich hänge sie mal an. Die dll muß in das Verzeichnis C:\Windows\System32 kopiert und anschließend die reg-Datei ausgeführt werden. Fertig. Anschließend kannst Du mit Rechtsklick auf dem Desktop die Icons sichern und wiederherstellen. Das Sichern funktioniert allerdings aus mir unbekannten Gründen nicht immer. Du mußt darauf achten, daß die Meldung erscheint, daß gesichert wurde. Andernfalls wurde nicht gesichert.