Hallo, versuch es mal hiermit:
http://support.microsoft.com/kb/927391/deHatte das gleiche Problem, und half mir mit der Methode 3 zu etwas Luft. Das ging dann immer so lange, bis ich irgendwas eingreifendes Installierte oder deinstallierte. Dann kam der BCD Fehler immer wieder.
Im Grunde genommen bleibt dir meiner Meinung nach um das Problem entgültig zu lösen nur eine Neuinstallation. Alles andere ist nur auf Zeit, da die Parameter einfach durcheinander geworfen wurden.
Festplatte 0 als C und Festplatte 1 formatieren. Daten natürlich vorher extern sichern. Vor der Installation Festpl.1 abziehen, damit du sicher sein kannst, dass "alles" auch auf HD0 installiert wird.
Grundsätzlich gilt immer bei einer Neuinstallation: Alles abziehen bis auf die Installations HD. Dann kann auch nichts sonst wo hingeraten.
Gruß