Ich denke jetzt nur mal laut und ohne jede Ahnung, aber vielleicht doch irgendwie logisch:
Wenn die Icons immer dann eine neue Stelle brauchen und von Windows zugewiesen bekommen ("verrutschen"), wenn die Auflösung geringer wird, ändert sich auch in Deinem Fall irgendwann beim Booten vielleicht die Auflösung. Das könnte daran liegen, daß nicht sofort mit dem richtigen hochauflösenden Treiber, sondern zunächst mit dem geringauflösenden Windows-Standardtreiber gebootet wird. Das hinwiederum hat mit ziemlicher Sicherheit mit Deiner Grafikhardware oder den Grafiktreibern zu tun. Also würde ich zunächst mal versuchen, meine ggf. irgendwo nicht ganz hundertprozentig funktionierende Hardware in Ordnung zu bringen und damit anfangen, einen neueren oder älteren, auf jeden Fall aber anderen, Grafiktreiber zu installieren.