Um was für Ordner handelt es sich denn?
Wenn du die Eingabeaufforderung der Wiederherstellungs-DVD nutzt, ist die Buchstaben-Zuordnung anders, was bedeutet, dass C:\ nicht zwangsläufig die Partition mit dem Betriebssystem ist.
Ich rate dir zunächst mal, die Steckverbindungen der Platte zu überprüfen.