Ich habe nur den IE9 installiert, und da kann man sehr wohl Favoriten in angelegte Ordner verschieben.
Webseite als Favorit markieren, Favoriten öffnen, Webseite mit Maus "festhalten" und dann in den gewünschten Ordner verschieben.
Oder man geht im Arbeitsplatz auf C:\Users\DeinUserAccount\Favorites\ und sortiert dort seine Favoriten.
Sollte es dort zu Problemen kommen, stimmt sicherlich etwas mit den Ordnerberechtigungen nicht.