Das ist ein bereits bekanntes, sehr häufig auftretendes und hauptsächlich unter Windows Vista und Windows 7 auftretendes Problem. Es tritt sehr oft auf, wenn neue Desktopsymbole hinzukommen, oder man an der Anordnung etwas ändert.
Man richtig sich einen "aufgeräumten" Desktop nach seinen Vorstellungen ein und nach einem Neustart ist alles wie zuvor.
Ich kann dazu folgende einfache Lösung anbieten: Nach der Desktopsymbol-Anordnung oder neuem Hinzufügen von Symbolen einfach Rechtsklick auf dem Desktop und auf Aktualisieren klicken.
Mit diesem Verfahren hatte ich seither keine Probleme mehr mit zurückgesetzten Desktopanordnungen.