Das geht z.B. mit Total Commander. Hat nur einen Nachteil, änderst du die Ordnerstruktur auf dem Quelllaufwerk, sind die dateien auf dem Ziellaufwerk doppelt.
Unter XP gab es den Aktenkoffer für solche Angelegenheiten.
Ein gutes Tool, leider nur in englisch, ist
SyncToy von Microsoft.
Ein weiteres Problem: Win 98ME arbeitet doch mit Fat32 und XP mit NTFS. 98ME wird die NTFS-Platte nicht lesen können. Die Platte muss also mit Fat32 formatiert werden.