Gute Frage! Hast Du mal eine Datenträgerüberprüfung Deiner Partition unternommen? Es muß ja irgendeinen Grund geben, daß der MBR offensichtlich nicht richtig geschrieben wird...
Da gibt es für den Fall der Fälle auch Tools, mit denen ein fehlerhafter MBR ggf. wiederhergestellt werden kann (z. B. Hiren's BootCD u. a.).