Herunterfahren heißt nicht ausschalten. Strom fließt weiter, schon wegen des LAN-Wakeups etc. Ich denke, wenn das Motherboard den USB-Anschluß nach dem Ausschalten weiter mit Strom versorgt, leuchtet die USB-Maus einfach weiter. Abhilfe schafft, den PC mit dem Netzschalter auszuschalten, was immer Strom spart und schon deshalb zu empfehlen ist. Oder Du findest etwas Passendes im BIOS, wie Blumenkind schon gesagt hat.