Theoretisch sind sie beide gleichschnell, ich würde zu USB 2.0 tendieren. Ich habe ebenfalls eine externe HD über USB laufen und mit der Geschwindigkeit bin ich sehr zufrieden. USB 2.0 = 480 MBpS / FW = 400 MBpS
Bei Firewire kann es sein das man das falsche Kabel erwischt (4 Pins sind ohne Strom, 6 Pins mit Strom). Das hat man bei USB schon mit dabei. Vorteil für Firewire ist, das sie beim Datentransfer nicht so auf die CPU gehen da sie einen eigenen Controller haben der das bewerkstelligt.
Also im Grunde liegen beide gleichauf, aber ich würde zu USB tendieren. Ist weiter verbreitet und läuft bei mir wunderbar.