Ich sehe das Problem nicht bei den Ordnern. Die kannst du problemlos verschieben. Aber die damit verbundenen Registry Einträge könnten Probleme machen, wenn du es verschiebst, da dann der Pfad weg ist.
Ausserdem ist es etwas riskant alle Programme auf einer anderen HD zu betreiben. Wenn du dein System mal neu aufsetzen musst, werden einige Programme genau wegen diesen fehlenden Registry Einträgen nicht mehr gehen und du musst sie nochmal installieren.